Kekerasan akibat ekstremisme yang menyerang warga sipil selama ini terkait dengan kelompok Islam radikal di Indonesia dan Banglades serta kelompok Buddha radikal anti-Muslim di Myanmar.
Di Indonesia, kekerasan akibat ekstremisme muncul dalam dua bentuk: penggunaan bom atau kekerasan bersenjata atas nama jihad yang menyasar warga sipil—termasuk serangan terhadap polisi—dan kekerasan dengan menggunakan senjata-senjata sederhana seperti batu, pentungan atau pipa besi untuk menghancurkan bangunan – dan kadang-kadang juga menyerang orang– yang kerap kekerasan itu atas nama aksi anti maksiat, anti aliran sesat serta anti kemurtadan. Tipe yang pertama contohnya diwakili oleh Jemaah Islamiyah (JI), kelompok yang bertanggung jawab atas bom Bali pada bulan Oktober 2002 – yang sementara waktu tak lagi terlibat kekerasan, sedangkan contoh bentuk kedua adalah Front Pembela Islam (FPI).
Bom Bali bukanlah aksi terorisme pertama di Indonesia. Organisasi yang dianggap sebagai cikal bakal dari JI, Darul Islam, bertanggung jawab atas gelombang pemboman di akhir 1970-an dan awal 1980-an. Namun Bom Bali lah yang menyadarkan pemerintah Indonesia tentang keberadaan jaringan teroris di tanah air yang sebagian pelakunya pernah mendapatkan pelatihan militer di perbatasan Afganistan-Pakistan sejak 1985 dan pelatihan serupa di Mindanao sejak 1994. Para pelaku lainnya mendapatkan pengalaman tempur di wilayah konflik seperti Ambon dan Poso . Gelombang penangkapan paska Bom Bali yang dilakukan oleh Densus 88 tak hanya berhasil melemahkan jaringan terorisme, tapi juga memicu perpecahan.
Dari 2003 hingga 2009 kelompok sempalan JI, yang dipimpin Noordin Top, warga asal Malaysia, melakukan serangan bom bunuh diri terhadap target-target asing di Jakarta dan Bali antara tahun 2005 dan 2009. Paska kematian Noordin, sebuah koalisi sembilan kelompok jihad bersepakat membentuk kamp pelatihan militer di Aceh. Sempalan JI lainnya, Jamaah Anshorut Tauhid (JAT), berhasil mengumpulkan dana untuk membiayai kamp tersebut. Pelatihan militer itu sempat berjalan beberapa waktu sampai akhirnya dibubarkan polisi. Aksi polisi yang berbuntut gelombang penangkapan para jihadi itu tak hanya menimbulkan perpecahan serta penyatuan kelompok tapi juga juga membuat kaum ekstrimis menggeser musuh utama mereka dari warga asing kepada polisi.
Sejak 2010 terorisme di Indonesia umumnya tidak berbasis teknologi canggih dan berakibat korban jiwa dalam jumlah sedikit. Korban jiwa akibat terorisme pada tahun 2010 adalah 10, semuanya polisi; tiga lagi di tahun 2011, semuanya lagi-lagi polisi; dan 10 pada tahun 2012, delapan di antaranya adalah polisi. Kelompok-kelompok baru, sebagian besar punya hubungan jauh dengan JAT atau DI atau keduanya, pun bermunculan. Satu kelompok yang menarik perhatian di akhir tahun 2012 dan awal 2013 adalah Mujahidin Indonesia Timur (MIT) yang dipimpin mantan anggota JI dan JAT bernama Santoso, yang berbasis di Poso.
Kebanyakan dari kelompok-kelompok tersebut secara sumir berkomitmen faham salafy jihadisme, ideologi yang terkait dengan al-Qaeda. Tak banyak dari kelompok yang terbentuk belakangan tersebut yang punya proses indoktrinasi keagamaan panjang dan persyaratan keanggotaan yang seperti JI yang melakukan pemeriksaan serius terhadap latar belakang anggota. Akibatnya, kelompok-kelompok tersebut mudah diinfiltrasi atau disadap komunikasinya. Dalam beberapa tahun terakhir, terjadi peningkatan rekrutmen, komunikasi, pelatihan dan pengumpulan dana secara online, terutama melalui jaringan media sosial.
Perempuan memainkan peran penting dalam organisasi-organisasi ini, tak hanya membantu terbentuknya aliansi melalui perkawinan atas dasar perjodohan antara anggota akan tetapi juga memberi dukungan finansial melalui aktivitas bisnis dan bertindak sebagai kurir, terutama untuk anggota-anggota yang ada dalam tahanan.
Banyak instansi pemerintah Indonesia memainkan peran dalam upaya kontra terorisme, termasuk di antaranya polisi, direktorat pemasyarakatan di bawah Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia; dan Badan Nasional Penanggulangan Terorisme (BNPT) yang didirikan pada tahun 2010.